Początki istnienia osady w miejscu dzisiejszego miasta sięgają X w. We wczesnym średniowieczu istniał tu prawdopodobnie gród, strzegący przeprawy przez Bug. Już w trzynastowiecznych dokumentach Włodawa wspominana jest jako ważny ośrodek handlowy, leżący na szlaku z Brześcia Litewskiego do Lublina, słynący z jarmarków koni i bydła. Obok katolików mieszkali tu wyznawcy prawosławia. Od 1595 r. do czasów przyłączenia ziemi włodawskiej do Rosji, istniała tu parafia grekokatolicka (unicka), przekształcona w roku 1875 w parafię prawosławną[1.1].

W latach 1446–1447 Włodawa noclegi nad jeziorem została włączona do Wielkiego Księstwa Litewskiego, zaś rzeka Włodawka stała się linią graniczną pomiędzy Koroną a Litwą. W 1475 r. dobra włodawskie przejęli od króla Kazimierza Jagiellończyka książęta Michał i Aleksander Sanguszkowie, którzy wznieśli we Włodawie drewniany zamek i wspierali gospodarczy rozwój osady. Około 1534 r., staraniem Andrzeja Sanguszki Włodawa otrzymała prawa miejskie, potwierdzone w 1540 r. Pod koniec XVI w. właścicielem Włodawy został zwolennik kalwinizmu Andrzej Leszczyński, wojewoda brzesko-kujawski. Miasto szybko stało się silnym ośrodkiem protestantyzmu, w którym osiedlali się przybywający z Czech, Moraw i Śląska innowiercy, przyczyniający się do intensywnego rozwoju rzemiosła. W latach 1624–1698 działał tu zbór oraz szkoła kalwińska. W wieku XVII powstała we Włodawie samodzielna gmina żydowska, zaś w roku 1684 wzniesiono tu drewnianą synagogę, którą w latach 1764-71(4) zastąpiła synagoga murowana, zachowana do czasów współczesnych.